Veltri
Da Bioingegneria.
Pierangelo Veltri
Università Magna Graecia di Catanzaro
Ingegneria Informatica e Biomedica
Viale Europa, 88100 Germaneto Catanzaro – Italy
ph: +39 0961-3694149
fax: 39 0961-369 4073
e-mail
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Short CV
In 1998 obtained the Laurea degree cum Laude in Computer Science Engineering from University of Calabria. From 1998 to 2002 he was researcher at INRIA Rocquencourt- France, in the Verso group (now Leo http://leo.saclay.inria.fr//). In 2002, he received a Ph.D. in computer science from University of Orsay (Paris XI) with "mention tres honrable" with Ph.D Thesis "A view mechanism for a large scale XML repository: design and implementation" (Advisor Sophie Cluet and Stephane Grumbach") (Pdf-file). From 2002 he is assistant professor of Computer Engineering at University “Magna Græcia” of Catanzaro, Italy.
Research Interests
From 1998 to 2000 he was member of the Verso group and he participated to the Chorochronous project (1998-1999) and at the Xyleme project (1999-2001). From 2002 he participates to several projects, whose main topics are pure computer science (such as Grid computing, geographical and temporal databases, XML views) and bioinformatics topics (mass spectra data analysis, proteomics, prediction of protein structures, microarray analysis). His main research interests are:
- Bioinformatics and Information System for Medicine:
- protein structure prediction; protein/peptide identification from mass spectrometry data; mass spectra data management; microarray data analysis; protein-protein interaction data analysis ;cell activity modelling and simulation;
- Electronic patient records management; Cardiolab informatic systems; Automatic Voice analysis; Geo-medical, i.e. GIS and biomedical data; biomedical image analysis (PET DICOM images analysis and classification)
- Data bases:
- XML and Semi-structured Database, Views, data modelling, spatial databases and geographic information system; data security
- Grid and Parallel Computing
Teaching
A.A. 2009-2010
-Fondamenti di Informatica 1 - Corso di Laurea Ingegneria Informatica e Biomedica (modulo 1 di 2)
-Ingegneria del Software - Corso di Laurea Ingegneria Informatica e Biomedica (modulo 1 di 2)
-Informatica Medica e Sistemi Informativi Sanitari - Corso di Laurea Specialistica in Ingegneria Biomedica
-Ambienti Evoluti di Basi di Dati - Corso di Laurea Specialistica in Ingegneria Biomedica
-Tecniche Informatiche per la Telemedicina - Corso di Laurea Specialistica in Ingegneria Biomedica
-Infomatica - Corso di Laurea Spcialistica in Organizzazione dei Servizi nella Pubblica Amministrazione
-Sistemi di Elaborazione delle Informazioni Corso di Laurea in Organizzazione dei Servizi nella Pubblica Amministrazione
-Informatica (Maxi corso 1, modulo 1 di 3) Corso di Laurea in Medicina e Chirurgia; Corso di Laurea in Biotecnologia;
-Informatica (Maxi corso 2, modulo 1 di 3) Corso di Laurea Infermieristica Polo Catanzaro; Corso di Laurea in Fisioterapia; Corso di Laurea Igienista Dentale; Corso di Laurea Logopedia; Corso di Laurea Tecnico di Laboratorio; Corso di LAurea Fisiopatologia; Corso di LAurea Tecnico di Neuropsicopatologia Infantile, Corso di Laurea Tecnico Perfusione Cardiovascolare; Corso di Laurea Tecnico di Radiologia
-Sistemi di Elaborazione delle Informazioni (Maxi corso 3, modulo 1 di 3), Corso di Laurea in Biotecnologia; Corso di Laurea in Fisioterapia; Corso di Laurea Igienista Dentale; Corso di Laurea Logopedia; Corso di Laurea Tecnico di Laboratorio; Corso di LAurea Fisiopatologia; Corso di LAurea Tecnico di Neuropsicopatologia Infantile, Corso di Laurea Tecnico Perfusione Cardiovascolare; Corso di Laurea Tecnico di Radiologia
-Bioinformatica (Maxi corso 4, modulo 1 di 3) Corso di Laurea Specialistica in Biotecnologie mediche, veterinarie e farmacologiche; Corso di Laurea Specialistica in Scienze infermieristiche
-Informatica (modulo 1 di 2) Corso di Laurea in Infermieristica polo didattico di Cosenza, III anno
Il materiale didattico è reperibile all'URL [LINK http://bioingegneria.unicz.it/didattica]
E' infine relatore di 3 dottorandi di ricerca nell'ambito del dottorato in Ingegneria Biomedica dell'Università di Catanzaro
Publications
Recent ones (2008-2010). For complete list visit Complete List
* Journal
To appear:
[J24] M. Cannataro, P.H. Guzzi, and P. Veltri. Protein to Protein Interactions:Technologies, Databases and Algorithms," accepted for publication in ACM Computing Surveys.(to appear in 2010)
Published
[J23] P. H. Guzzi, M.T. Di Martino, G. Tradigo, P. Veltri, P. Tassone, P. Tagliaferri, M. Cannataro Automatic summarisation and annotation of microarray data, Journal of Soft Computing - Elsevier. Advanced access (On line first). DOI 10.1007/s00500-010-0600-4 http://www.springerlink.com/content/t04373q7621722w1
[J22] M. Cannataro, Pietro H. Guzzi, and P. Veltri. IMPRECO: Distributed prediction of protein complexes. Future Generation Computer Systems. Volume 26, Issue 3, March 2010, Pages 434-440.
[J21] L. Palopoli, S. E. Rombo, G. Terracina, G. Tradigo, P. Veltri: Improving protein secondary structure predictions by prediction fusion. Information Fusion 10(3): 217-232 (2009)
[J20] F. Gullo, G. Ponti, A. Tagarelli, G. Tradigo, P. Veltri: MaSDA: A system for analyzing mass spectrometry data. Computer Methods and Programs in Biomedicine 95(2-S1): 12-21 (2009)
[J19] MT Di Martino, M Ventura, PH Guzzi, A Pietragalla, P Neri, A Bulotta, T Calimeri, V Barbieri, M Caraglia, P Veltri, M Cannataro, P Tassone and P Tagliaferri, Differential transcriptional response to cisplatinum in BRCA1-defective versus BRCA1-reconstituted breast cancer cells by microarrays. Cancer Research 69 (2 Supplement), 5062, January 15, 2009. doi: 10.1158/0008-5472.SABCS-5062 © 2009AACRI
[J18] F. Amato, M. Cannataro, C. Cosentino, A. Garozzo, N. Lombardo, C. Manfredi, F. Montefusco, G. Tradigo, P. Veltri, Early Detection of Voice Diseases via a Web–Based System, J. Biomedical Processing and Control, 4 (2009) 206–211, 2009.
[J17] MT Di Martino, M Ventura, PH Guzzi, A Pietragalla, P Neri, A Bulotta, T Calimeri, V Barbieri, M Caraglia, P Veltri, M Cannataro, P Tassone and P Tagliaferri. Differential transcriptional response to cisplatinum in BRCA1-defective versus BRCA1-reconstituted breast cancer cells by microarrays. Cancer Res 2009;69(2 Suppl):Abstract nr 5062, http://dx.doi.org/10.1158/0008-5472.SABCS-5062,
[J16] B. Quaresima, T. Crugliano, M. Gaspari, MC Faniello, P. Cosimo, R. Valanzano, M. Genuardi, M. Cannataro, P. Veltri, F. Baudi, P. Doldo, G. Cuda, S. Venuta, F. Costanzo, A proteomics approach to identify changes in protein profiles in serum of familial adenomatous polyposis patients, Cancer Letters 272(1):40-52, 8 December 2008, http://dx.doi.org/10.1016/j.cam nlet.2008.06.021
[J15] P. Veltri. “Algorithms and tools for analysis and management of mass spectrometry data” Briefings in Bioinformatics Vol. 9(2): Pages 144-155 (March 2008) doi: 10.1093/bib/bbn007. Oxford University Press
[J14] M. Cannataro, D. Talia, G. Tradigo, P. Trunfio, P. Veltri: SIGMCC: A system for sharing meta patient records in a Peer-to-Peer environment. Future Generation Comp. Syst. 24(3): 222-234 (2008) - On line pub 2006
- In Proceedings (only 2009-2010)
To appear:
[P58] P.H. Guzzi M. Cannataro, P. Veltri Using ontologies for querying and analysing protein-protein interaction data. ICCS and the Third Workshop on Biomedical and Bioinformatics Challenges to Computer Science.
[P57] G. Tradigo, S. Greco, P. Veltri. Geomedica: managing and querying clinical data distributions on geographical database systems. ICCS and the Third Workshop on Biomedical and Bioinformatics Challenges to Computer Science.
* In Proceedings
[P56] B. Calabrese, F. Pucci, M. Sturniolo, P. Veltri, A. Gambardella, M. Cannataro Automatic Detection of Obstructuve Sleep Apnea Syndrome based on snore signals. Maveba 2009.
[P55] F. Gullo, G. Ponti, A. Tagarelli, G. Tradigo and P. Veltri. Hierarchical Clustering of Microarray Data with Probe-level Uncertainty. IEEE Computer Based Medical System- Spcial track Computational Proteomics - Management and Analysis of Data. Albuquerque2009
[P54] M Cannataro, P H Guzzi and Pierangelo Veltri. Using Ontologies for Annotating and Retrieving Protein-Protein Interactions Data. IEEE Computer Based Medical System- Spcial track Computational Proteomics - Management and Analysis of Data. Albuquerque 2009
[P53] G. Tradigo, M Cannataro, F. Fera and P. Veltri. StiMaRe: A software tool supporting visual Stimuli Definition and Analysis in Magnetic ResonanceIEEE Computer Based Medical System- Main track. Albuquerque 2009
[P52] Palumbo, A. Amato, F. Calabrese, B. Cannataro, M. Veltri, P. Garozzo, A. Lombardo, N. A novel portable device for pathological voice analysis memea, 2009 IEEE International Workshop on Medical Measurements and Applications, 2009
[P51] M Cannataro, C Indolfi,G Tradigo,P Veltri, A device for stent designing in emodynamic surgery room memea, pp.95-98, 2009 IEEE International Workshop on Medical Measurements and Applications, 2009
[P50] A. Palumbo, B. Calabrese, G. Cocorullo, M. Lanuzza, P. Veltri, P. Vizza, A. Gambardella, M. Sturniolo, "A novel ICA-based hardware system for reconfigurable and portable BCI," memea, pp.95-98, 2009 IEEE International Workshop on Medical Measurements and Applications, 2009
[P49] A. Palumbo,P. Vizza,P. Veltri, A. Gambardella, F. Pucci, M. Sturniolo, Design of an electronic device for brain computer interface applications 2009 IEEE International Workshop on Medical Measurements and Applications
[P48] L Miceli, L Palopoli, S E. Rombo, G Terracina, G Tradigo, P Veltri: Experimental Evaluation of Protein Secondary Structure Predictors. ICCS (1) 2009: 848-857
[P47] C. Indolfi, M. Cannataro, P. Veltri, G. Tradigo: Cartesio: A Software Tool for Pre-implant Stent Analyses. ICCS (1) 2009: 810-818
[P46] M. Cannataro, PH Guzzi, P Veltri. Using Ontologies for Annotating and Retrieving Protein Interaction Data.Accepted Paper in IEEE CBMS 2009 22th Symposium on Computer Based Medical Systems. Digital Object Identifier 10.1109/CBMS.2009.5255274.
* Complete List of Publications
Projects
Cardiolab: sistemi informativi a supporto dell’emodinamica (2006 - ad oggi - in italiano)
In collaborazione con l’equipe di emodinamica guidata dal prof. Indolfi, Pierangelo Veltri ha attivato una serie di progetti finalizzati alla realizzazione di un laboratorio informatico a supporto delle attivit` di emodinamica. Il primo sistema reaalizzato è Cartesio, un sistema di ausilio per l’ottimizzazione dei processi decisionali legati ala scelta delle dimensioni degli stents da posizionare in operazioni di angioplastica. Il dimensionamento è fatto usando l’esperienza clinica del medico chirurgo che interviene. Grazie all’uso di Cartesio supportato dall’uso di cateteri con tacche radio-opache posizionate a distanza nota, è possibile misurare e dimensionare degli stents da posizionare nei vasi. Cartesio è in fase di testing nelle due sale operatorie dell’unità emodinamica del Policlinico Universitario Azienda sanitaria Mater Domini, ed è stato realizzato con attrezzature completamente consoni ai parametri di certificazione per sala operatoria.
Cartesio fa parte del progetto Cardiolab, per la definizione di un sistema informativo unico per l’emodinamica. Altro componente realizzatoè un sistema a basso costo di gestione delle immagini DICOM per la visualizzazione e la refertazione da remoto di ogni singola coronarografia. Quest’ultimo, insieme al modulo diCartesio, sono moduli di un sistema informativo di cartella clinica emodinamica, che consenta tra le altre funzionalità, il monitoraggio dei pazienti in ingresso e in uscita dalla sala operatoria.
Remote voice monitoring- REVA project (2006-today)
Responsible of the RE.V.A: Project for the definition of a System for analysis and management of vocal signal, finalized to identify anomalies and hilliness in vocal ropes LINK
Stimare: Software for analyzing stimuli in magnetic reasonance room (2008 - ad oggi)
In collaborazione con il Prof. Francesco Fera, è stato realizzato un soiftware per la mappatura degli stimoli e delle risposte dei pazienti in risonanza magnetica cerebrale. Il software è attualmente in fase di testing per associare indici comportamentali all attivzione di alcune aree del cervello.
Geomedica: ovvero estrarre informazioni da una analisi geografica di dati clinici e ambientali (2007- ad oggi)
Geomedica è un progetto che consiste nel realizzare un ambiente di analisi per dati prettamente medico clinici ed epidemiologici e per definire regole di associazione tra eventuali concentrazione di fenomeni con particolari caratteristiche del territorio. Attualmente è in corso una fase di studio e di sperimentazione con i dati di screening neonatale forniti grazie alla collaborazione con il Prof. G. Parlato
JSSPred Proteins Secondary Structure Prediction Tool (2004-today)
Member of the JSSPred project, for the definition of a server for Secondary Structure protein prediction. The portal is completed and can be found at JSSPred LINK.
Currently on such a topic he is cooperating with University college of Dublin (Prof. Gianluca Pollastri)
Progetto WiFi-Sud ICT4University - Ministero Innovazione Tecnologica (2008-oggi)
Referente del progetto WiFi Sud del Dipartimento per la Digitalizzazione dell'Amministrazione Pubblica e l'innovazione tecnologica (http://www.ict4university.gov.it/iniziative/in-corso/psowifi/wifi-sud.aspx).
Ha redatto il progetto "Liberi in WiFi nel Campus S. Venuta" cofinanziato per 300k Euro dal Dipartimento. Il progetto prevede la copertura in WiFi del Campus di Germaneto e la realizzazione di servizi informativi. Il progetto è in fase di attuazione.
Progetto Restrutturazione del portale Web Università di Catanzaro (2008-2009)
Responsabile della commissione Web di Ateneo, con nomina Rettorale ( http://www.unicz.it/portale/commissioni.asp) ha curato il restyling grafico e funzionale del portale dell' Ateneo di Catanzaro. Ha realizzato le modifiche funzionali del portale sia in termini di organizzazione di pagine che di database.
Ha inoltre curato per l'anno accademico 2008-2009 le specifiche del decreto trasparenza e relativa pubblicazione delle informazioni di Ateneo sul portale. Nella fase attuativa del progetto ha collaborato con la commissione Web l'Ing. Antonio Oliverio, manager informatico di Ateneo.
LC-MS/MS Spectrometry: Protein Identification, the EIPeptiDI ICAT Discovery Tool (2005-today)
Reference and responsible Responsible of the software tool for Improving protein identification process in LC MS/MS analysis LINK.
The software tool is currently used by Mass Spectrometry laboratory at University of Catanzaro, supporting the LC MS/MS Applied Biosystem machine.
MASDA: Software per analisi e preprocessing di dati MALDI (2007-today)
Membro del progetto per la realizzazione di una piattaforma di analisi e preprocessing di dati Maldi. Attualmente il progetto ha gia rilasciato una prima versione del software che si basa su analisi di dati Maldi mappati in serie temporali. Il progetto e' frutto di una collaborazione con Andrea Tagarelli del DEIS - Unical. Attualmente il sistema è in fase di testing su dati Maldi forniti dal CNR Piano Lago (direttore Prof. A. Gambardella) Dataset su sclerosi multipla e morbo Creutzfeld-jakob. Il software Masda nella sua prima versione è disponibile sul sito di Polifemo.
Electronic Patient Record Analysis and Management. SIGMCC Tool (2006)
Scientific Reference for the Project “P2P - CKMS-SSDM: Modelli e Tecnologie Collaborativi a Supporto di Sistemi Sanitari”, funded by Calabria Region, with partners Università della Calabria, Università di Catanzaro, ICAR CNR, and Caliò Informatica. The project aim i sto realize a system prototipe for cooperation among hospitals using a meta EPR finalized to apply advanced functions on patient records (data mining, support decision, follow up analysis, and so on) . Official site (in Italian) www.calio.it; web site of the prototype Querying Electronic Patient Record in a Peer-to-Peer Environment LINK
Mass spectra data analysis and storing SpecDB (2005-2006)
Reference and responsible of the project SpecDB for the definition of a platform for data analysis and management. Find demo, tool and more information on LINK
MS-Analyzer Project (2003-2005)
Member of the project, whose aim is to develop a platform for spectra data analysis and mass spectra experiment designing LINK
PROTEUS
Grid-Based Proteomic & Genomic Analysis (Principal Investigator: Mario Cannataro) [www.icar.cnr.it/proteus]
GRID.it (Firb- 2002- 2005)
Member of the project GRID.IT Piattaforme Abilitanti per Griglie Computazionali ad Alte Prestazioni Orientate ad Organizzazioni Virtuali Scalabili (fondi FIRB).Member of the WP8: designino and implementation of a problem solving environment (PSE) Based on the Grid
Progetto Integrazione Dati Territoriali (ABR) (2003- 2005)
Responsible of the project for the definition of system prototipe whose aim is to manage geographical data and for document management for risk evaluation.
ProductManager LINK
Project for paper management (University internal use only)
Oncogenomic (Cofin 2003 - Ottobre 2003-Ottobre 2005)
Member of the project and of the subtask for the study of Early Detection of Hereditary Cancer (Proteomics and Bioinformatics) (responsible Prof. Salvatore Venuta)
Xyleme (1999- 2001)Xyleme start up link
Member of the project for the definition of a datwarehouse of XML documents (an INRIA verso project). Responsible of the definition of a View mechanism for querying XML documents. The view system prototype, has been developed during the INRIA visiting, and integrated into the Xyleme system. The system is now sold by a company (www.xyleme.com)
Dedale Project (1998- 2000)Link to Dedale Project
Resposible of the designino and implementation of a SQL parser for a constraintbased SQL language for spatial database. The system prototype, named Dedale, has been developed during the INRIA visiting.
